В новой версии:

• Сообщения об опасности и устаревании. Automake сейчас пишет сообщение об ошибке в случае, если используется configure.in, а не configure.ac для Autoconf.
• Правила очистки. Рекурсивное правило очистки спуском в $(SUBDIRS) выполняется в естественном (прямом) порядке, а не в обратном. Это было разработано для обхода ограничений старой системы отслеживания зависимостей. Хотя эти ограничения уже и были решены ранее другими способами.
• Поддержка тихого режима. Предлагается использовать $(AM_V_P) для того, чтобы оболочка знала, когда нужно выводить информацию в подробном режиме, а когда -- нет.